Dopuszcza się możliwość zmiany umowy dotacji w ramach Programu Czyste Powietrze w zakresie rodzaju przedsięwzięcia i/lub wysokości dotacji. Akceptacja zmian zależy od dostępności środków oraz spełnienia warunków Programu. W przypadku zmiany rodzaju przedsięwzięcia dokonywane jest ponowne przeliczenie maksymalnej kwoty dotacji. Beneficjent składa zaktualizowany formularz wniosku o dofinansowanie z zaznaczonym polem „Aneks do umowy” oraz wymaganymi załącznikami. Ocena wniosku o aneks odbywa się w takim sam sposób jak ocena wniosku o dofinansowanie.